市工商業聯合會設9個內設機構:
（一）辦公室（研究室） 電話：51015800
負責機關日常運轉，承擔文秘、保密、信訪、檔案、安全、后勤、財務等工作；負責機關干部人事、機構編制、勞動工資、績效管理等工作；負責重要會議和重大活動的組織安排；負責重要工作的督查、督辦及信息反饋；負責信息化工作；負責離退休干部工作；負責機關法治綜治、文明創建、雙擁、結對幫扶、公共機構節能等工作；負責民營經濟、工商聯工作的調查研究；負責政協大會發言、集體提案、社情民意、市委民主協商會等參政議政文稿撰寫有關工作；負責辦理相關提案、議案等工作；負責綜合性文稿起草；組織開展理論研究，收集整理工商史料；編纂年度《南通民營經濟發展報告》。
（二）會員部（商會工作部） 電話：51015820
負責全市工商聯組織建設、會員發展、管理和服務工作；負責全市商會組織和會員數據庫建設和管理；負責做好民營經濟人士的思想政治工作和代表人士的考察、推薦，協助做好代表人士政治安排及評選表彰的推薦工作；負責主席（會長）會議、常委、執委會議組織落實；負責原工商業者及遺屬服務工作；負責會費收繳和管理；負責指導縣（市）區工商聯基層組織相關工作；負責全市工商聯所屬商會組織的發展、管理和服務工作，協助所屬商會組織籌建申請、成立登記、變更登記、注銷登記的審核，參與年度評估和檢查；負責行業自律和協調發展機制的建立；引導、指導商會組織承接政府轉移的職能；指導行業商會參加、主辦或承辦各類展覽會、博覽會等活動；開展"五好"工商聯和"四好"商會創建工作。
（三）宣傳教育部 電話：51015825
宣傳黨和國家的方針、政策，引導非公有制經濟人士愛國、敬業、誠信、守法、貢獻，做好意識形態工作；開展民營經濟人士的教育培訓和思想政治工作；負責民營經濟人士和會員企業先進典型、先進事跡的宣傳；組織開展民營經濟人士思想政治引導和理想信念教育實踐活動；指導民營企業文化建設；負責全市工商聯系統信息工作；負責本會網站、微信公眾號等自媒體的日常運營維護管理；指導《通商》雜志編輯出版。
（四）經濟部 電話：51015828
負責會員企業的經濟服務工作；負責與政府有關職能部門的聯系、協調工作；負責建立、運作與管理經濟服務平臺；承接黨委政府委托的經濟服務事項；聯系、指導基層工商聯的經濟服務工作；為會員企業提供政策、信息、管理等服務；組織會員企業參加展銷、貿易洽談會等經貿交流活動；組織開展招商引資、產品推介等活動；負責全國工商聯民營企業科學技術進步獎、優秀科技項目和人才的申報推薦；開展和參與民營經濟問題的調查研究；開展全國工商聯上規模民營企業調研、民營企業履行社會責任調研和軍民融合企業情況調查工作；負責扶貧開發、對口支援、光彩事業等社會公益事業工作。
（五）聯絡部 電話：51015829
負責異地南通商會的建立、聯系和指導；負責外事、外經貿活動，組織民營企業參加境內外展覽展銷、經貿洽談等活動，為本地民營企業"走出去"參與"一帶一路"建設提供服務；負責編制本會年度出訪安排計劃；負責外事活動的報批、有關組團安排和外事紀律教育；負責辦理職能范圍內人員的出國（境）手續；做好與海外工商聯社團、商會和工商界人士的聯絡、交流、合作工作；負責做好友好商會工作。
（六）法律服務部 電話：51015823
為會員提供各類政策、法律法規咨詢和服務，依法維護其合法權益；開展與民營經濟和工商聯工作相關法律課題研究；會同相關部門開展新出臺法律、法規、規章等的解讀宣傳及對民營經濟人士法律知識的教育培訓；與政府部門和社會機構建立法律服務平臺，開展普法教育、民（商）事調解；參與勞動關系三方協調，推動勞動關系協調機制建設；在民營企業中推行仲裁法律制度，完善訴訟與仲裁相銜接的糾紛解決機制；協助會員企業處理經濟糾紛；根據政府要求，組織對政策落地情況進行第三方評估；負責本會有關法律文書的起草、審核、解釋；指導縣（市）區工商聯及商會組織的法律服務工作。
(七）總商會黨委 電話：51015819
領導市直商會黨組織和黨的建設工作；指導縣（市）區商會組織黨建工作；負責在商會組織中貫徹執行黨的路線、方針、政策，執行上級黨組織決議；負責在直屬商會中組建黨組織；加強對直屬商會黨支部的領導，推進直屬商會黨組織規范化建設；負責直屬商會黨員發展、教育管理；負責指導民營企業黨建工作，推動商會黨建與企業黨建有效融合。
（八）通商總會秘書處 電話：51015798
負責南通通商總會日常工作；宣傳貫徹執行黨和國家的路線、方針、政策以及市委、市政府的決策部署，引導通商回歸發展，服務通商企業轉型升級；開展調查研究，反映通商意見和建議，為黨委、政府決策提供參考和依據；聯系廣大通商，吸收會員，壯大隊伍，建立境內外通商、以通商為主體的社會組織聯系網絡和數據庫；推介南通各地招商引資項目，搭建交流平臺，促進南通與市外、境外的經濟交流與合作；開展通商文化研究，建立各類宣傳平臺，大力弘揚通商精神，提升通商文化品牌；開展各類教育培訓、論壇、聯誼等活動，為會員發展提供咨詢、信息、技術、法律、經貿等服務；組織引導會員開展社會公益活動；負責通商大會及相關系列活動的組織協調工作；制定通商總會工作計劃并組織實施，負責理事會、會長辦公會議決議的貫徹落實。
（九）機關黨總支 電話：51015820
負責機關的黨群工作。